低溫電泳槽：配備帶有冷卻裝置的電泳槽，通過循環冷卻水或內置制冷系統，控制電泳槽內的溫度。一般將溫度設定在 15 - 25℃，能有效維持凝膠和緩沖液的溫度穩定，減少熱效應的影響。

冷室或冷庫：如果條件允許，可將電泳設備放置在冷室或冷庫中進行電泳。冷室或冷庫的低溫環境有助于散熱，能輔助維持電泳過程中的溫度穩定，進一步降低熱效應。

選擇合適的緩沖液：不同的緩沖液具有不同的熱穩定性和散熱能力。例如，TBE 緩沖液的緩沖能力較強，在高電場強度下能更好地維持體系的 pH 穩定，減少因 pH 變化引起的熱效應。同時，其離子強度適中，可降低電泳過程中的產熱。

預冷緩沖液：在電泳前將緩沖液放入冰箱或冷柜中預冷至 4 - 10℃，然后再加入電泳槽中。預冷的緩沖液在電泳初期能吸收較多熱量，延緩溫度上升的速度。

更換緩沖液：電泳過程中，隨著熱量的產生，緩沖液的溫度會逐漸升高。及時更換緩沖液，可保持緩沖液的散熱能力，降低熱效應。一般建議在電泳過程中每隔一段時間（如 1 - 2 小時）更換一次緩沖液。

降低電壓：在保證核酸分子能夠有效分離的前提下，適當降低電場強度，即降低電壓。較低的電壓會減少電泳過程中的產熱量，從而降低熱效應。例如，將電場強度從 12 V/cm 調整到 10 V/cm 或更低，根據核酸分子的大小和分離要求進行優化。

縮短電泳時間：盡量縮短電泳時間，減少熱量的積累。可通過優化凝膠濃度、緩沖液條件等方法，提高核酸分子的遷移速度，在保證分離效果的同時縮短電泳時間。

稀釋樣品：適當稀釋核酸樣品，降低樣品中的離子濃度，減少電泳過程中的電流，從而降低產熱。但要注意樣品濃度不能過低，以免影響檢測靈敏度。

避免樣品堆積：確保樣品均勻地加入到加樣孔中，避免樣品在加樣孔中堆積。堆積的樣品會導致局部電流過大，產生過多熱量，而均勻分布的樣品能使電流更均勻地通過凝膠，減少熱效應。